审判标准不统一成最大难题
专家认为，在我国当前知识产权案件的审理中，面临的最大问题是审判标准不统一与地方保护主义。
中国人民大学知识产权学院副院长郭禾教授认为，知识产权法院设立后面临的核心问题有两个：审判标准不统一，行政诉讼和民事诉讼不协调。
在中国知识产权法学研究会副会长程永顺看来，统一审判标准是知识产权法院设立后要解决的核心问题，“最近我拿到一个案子，同样的原告，被告不一样，做的事一样，但是广东高院和上海高院做的判决完全不一样。知识产权案件出现不可知、不可测的现象，我认为这是一个非常重要的问题”。
“试点在一定程度上解决了同一法院内设机构分立、审判尺度不一问题。但是，由于审判机构分散，还存在地区性司法冲突或地方保护主义现象。”北京大学国际知识产权研究中心主任易继明说。
中南财经政法大学知识产权研究中心副主任曹新明教授表示，知识产权法院设立后，必须想办法破解地方保护主义这一难题，“知识产权审判的结果差别太大，是因为受到了地方保护主义的影响。我们到一些地方做过调研，尽管调研的对象没有明确说受到哪些方面的影响，但仍然非常清晰地告诉我们，(影响审判结果的)就是地方保护主义”。
对于地方保护主义的原因，中国社会科学院法学研究所研究员李顺德教授认为，刑事诉讼法中的相关规定造成了民事案件和刑事案件的冲突。
1998年颁布的《关于刑事诉讼法实施中若干问题的规定》明确，侵犯知识产权案件(严重危害社会秩序和国家利益的除外)被列入刑事诉讼法中的“被害人有证据证明的轻微刑事案件”。
李顺德表示，按照刑事诉讼法，知识产权刑事案件归基层法院管辖，但是按照知识产权民事案件的管辖，一般的知识产权案件在中级以上法院管辖。李顺德称，一些地方为了规避管辖，利用自己的关系将民事案件作为刑事案件进行诉讼，造成了民事案件与刑事案件的冲突。
设立法院破解难题
而在邓宏光看来，设立知识产权法院的主要目的之一，就是破解审判标准不一的难题。
“设立知识产权法院有利于统一案件的司法标准，解决因为刑事、行政和民事案件程序上的原因，以及因为审理案件的法院不同，导致对案件同案不同判，最大限度地确保判决的一致性，增加裁判的可预测性。”邓宏光在接受法治周末记者采访时表示。
除此之外，参加座谈会的专家普遍认为，知识产权法院的设立还有以下几方面的积极意义：
一是培养专门人才。今年两会期间，全国政协委员、国家知识产权局原局长田力普表示，知识产权案件往往涉及专业的技术问题，如专利及商业秘密案件，网络环境中的著作权及商标权案件，这都要求审理者的知识结构合理，有足够的经验应对专业问题。
二是提高审判质量。北京理工大学法学院院长曲三强教授认为，相比审判效率而言，中国今后的发展更应该强调公平正义，“从这一方面考虑，加大司法审查力度，配置更多资源，既符合法治国家建设发展的目标，又比较契合知识产权自身的特点”。
三是树立国际良好形象。7月10日，世界知识产权组织(WIPO)中国办事处在北京成立。中国国家知识产权局局长申长雨表示，中国办事处的设立既是对近年来中国知识产权事业发展成就的肯定，也体现了各方对中国知识产权工作的重视以及对未来的期待。
华中科技大学知识产权与竞争法研究中心主任郑友德教授认为，通过设立知识产权法院，表明政府传达了一种“加强知识产权保护”的信息，在引进国外直接投资、增加我国在世界知识产权领域信用等方面，都有着积极作用。
在接受法治周末记者采访时，邓宏光认为，设立知识产权法院有两重意义：第一，有利于树立加强保护知识产权的良好国际形象，巩固和提升国内重视创新和重视对创新成果保护的社会风气；第二，有利于协调好我国长期处于发展中国家的现实国情与逐渐加强知识产权保护的国际趋势之间的冲突，拿捏好在全球化背景下的国内知识产权保护的力度和水平，最大限度地保护我国的国家利益。
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